Le pompage du biogaz est réalisé au départ d'un réseau de dégazage. Il faut être attentif à installer des dispositifs de récupération des condensats.

Le pompage du biogaz requiert un contrôle aigu de différents paramètres. Il convient en effet de ne pas exercer sur le réseau une dépression trop importante et il faut éviter l'introduction d'air susceptible de rendre le mélange gaz/air explosif. Des dispositifs d'analyse mesurent en continu la teneur en CH4 du biogaz pompé.

En fonction de l'utilisation en vue d'une incinération ou d'une valorisation, le débit de pompage peut être adapté afin de fournir un gaz dont la teneur est adaptée à l'application.