Un soin particulier doit être apporté à la réduction des désagréments liés à l'exploitation des stations et en particulier aux traitements des odeurs.

Le confinement et le traitement à la source des odeurs permettent d'atteindre l'objectif visé en limitant les débits d'air à traiter.

Parmi les traitements les plus classiques, on retrouvera ceux par voie biologique, ceux par absorption et ceux utilisant le lavage chimique.